Pendant la croisade contre les albigeois, Puilaurens a servi de refuge temporaire à quelques
cathares, mais sans occuper une position stratégique particulière. Pierre Paraire, diacre cathare du Fenouillèdes y a séjourné en
1241 et plusieurs parfaits y furent de passage peu après la reddition de
Montségur (après
1244) ; les registres inquisitoriaux sont malheureusement les seules sources qui nous permettent d'établir ces faits.
En
1258 (traité de Corbeil),
Louis IX ordonne au Sénéchal de
Carcassonne de le mettre en état de défense. Aucun document sérieux ne nous permet de dater exactement la chute de Puilaurens ... bien que certains exégètes le présentent comme la dernière "citadelle cathare".
D'après Michel Roquebert, historien et auteur émérite, dans son remarquable ouvrage
Les citadelles du vertige (Michel Roquebert et Christian Soula, éditions Privat, Toulouse) :
«La reddition de Puylaurens se perd dans l'obscurité la plus totale. Arraché à ses défenseurs, sans doute en même temps que Quéribus, en 1255, ...»
Cinq châteaux royaux (
Aguilar,
Termes, Puilaurens,
Quéribus et
Peyrepertuse) dépendant de
Carcassonne, constituèrent la protection de la frontière avec le royaume d'Aragon, puis avec l'Espagne. Ils perdirent leur importance stratégique à la suite du traité de Pyrénées (1659), qui scellait l'annexion du Roussillon à la Couronne de France.
Ainsi, son exceptionnel état de conservation, bien plus que son rôle durant la croisade, fait le charme de ce site fortifié...