Obédience des vicomtes de Carcassonne en 1127, puis de Béziers en 1171, Minerve est devenu une possession du roi d'Aragon dès 1179.

Au début du XIII^e siècle, Minerve devient un lieu de passage et de séjour pour les cathares. Faisant partie (avec Termes et Lastours) des trois places stratégiques permettant de contrôler la région, Minerve a fait l'objet d'un siège en 1210 (à partir du 15 Juin) par les croisés de Simon de Montfort.

Une machine de guerre («la Malevoisine») est construite au nord-ouest du la cité, proche du chemin couvert, sur le plateau rocheux qui domine le point de jonction du Brian à la Cesse. Après une tentative infructueuse de destruction de ce trébuchet et plusieurs jours de pourparlers entre Guillaume de Minerve et Simon de Montfort, les assiégés ne peuvent que capituler, au terme de deux mois d'étranglement de la cité.

Refusant de renier leur foi, les cathares de Minerve finiront sur le bûcher : près de 140 personnes périront ainsi dans les flammes annonciatrices de la terreur de l'inquisition.

Guillaume de Minerve fera partie des résistants, ainsi que son fils.